Государственная комиссия при Правительстве Кыргызской Республики по делам религий была создана Указом Президента Кыргызской Республики от 4 марта 1996 года № 45 «О структуре и составе Правительства Кыргызской Республике» как административное ведомство при Правительстве Кыргызской Республики.
На основании Указа Президента Кыргызской Республики от 11 ноября 2005 г. № 533 «О внесении изменения и дополнений в Указ Президента Кыргызской Республики «О совершенствовании структуры органов государственного управления Кыргызской Республики от 15 октября 2005 года № 462» Государственная комиссия при Правительстве Кыргызской Республики по делам религий было преобразована в Государственное агентство по делам религий при Правительстве Кыргызской Республики.
В рамках реформы системы государственного управления Кыргызской Республики в соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики «О мерах по обеспечению реализации Закона Кыргызской Республики «О структуре Правительства Кыргызской Республики» от 26 октября 2009 года № 425 Государственное агентство по делам религий при Правительстве Кыргызской Республики выведено из ведения исполнительной ветви власти и преобразована в Государственную комиссию по делам религий Кыргызской Республики с определением ее в качестве органа, непосредственно подотчетной и подчиненной Президенту Кыргызской Республики.
Указом Президента Кыргызской Республики «О вопросах передачи отдельных государственных органов в ведение Правительства Кыргызской Республики» № 15 от 21 января 2011г., Государственная комиссия по делам религий КР передана в ведение Правительства Кыргызской Республики. Указом Президента Кыргызской Республики от 20 января 2012 года УП N 9 «О внесении изменения и дополнения в Указ Президента Кыргызской Республики «О вопросах передачи отдельных государственных органов в ведение Правительства Кыргызской Республики» от 21 января 2011 года», Государственная комиссия по делам религий КР передана в ведение Президента Кыргызской Республики.
Государственная комиссия по делам религий при Президенте Кыргызской Республики является центральным органом Кыргызской Республики, проводящим работу по формированию и реализации государственной политики в религиозной сфере и координирующим деятельность государственных органов Кыргызской Республики в области религий.