Судами разных инстанций Кыргызской Республики запрещены на территории республики деятельность деструктивных, экстремистских и террористических организаций: 

1.  «АЛЬ-КАИДА»;
2. «ДВИЖЕНИЕ ТАЛИБАН»;
3. «ИСЛАМСКОЕ ДВИЖЕНИЕ ВОСТОЧНОГО ТУРКЕСТАНА»;
4. «КУРДСКИЙ НАРОДНЫЙ КОНГРЕСС» («КОНГРА-ГЕЛЬ»);
5. «ОРГАНИЗАЦИЯ ОСВОБОЖДЕНИЯ ВОСТОЧНОГО ТУРКЕСТАНА»;
6.  «ХИЗБУТ-ТАХРИР-АЛЬ-ИСЛАМИ»;
7.  «ГРУППА ДЖИХАДА» («СОЮЗ ИСЛАМСКОГО ДЖИХАДА»);
8. «ИСЛАМСКАЯ ПАРТИЯ ТУРКЕСТАНА» («ИСЛАМСКОЕ ДВИЖЕНИЕ УЗБЕКИСТАНА»);
9.  «ЦЕРКОВЬ ОБЪЕДИНЕНИЯ» (ЦЕРКОВЬ МУНА);
10.  «ЖАЙШУЛЬ МАХДИ»;
11.  «ДЖУНДЬ-АЛЬ ХАЛИФАТ» («ДЖУНД-АЛЬ ХАЛИФАТ»);
12.  «АНСАРУЛЛОХ» (АНСАРУЛ АЛЛАХ);
13.  «АТ-ТАКФИР ВАЛЬ-ХИДЖРА» («АТ-ТАКФИР ВА-Л-ХИДЖРА»)
14.  «АКРОМИЯ»;
15.  АГИТАЦИОННО-ПРОПАГАНДИСТСКИЕ МАТЕРИАЛЫ И ПРОПАГАНДИСТСКАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ ТИХОМИРОВА А.А. – САИДА БУРЯТСКОГО.
16.  «ИГИЛ»
17.  «ДЖАБХАТ АН-НУСРА»
18.  «КАТИБАТ АЛЬ-ИМАМ АЛЬ-БУХАРИ»
19. «ЖАННАТ ОШИКЛАРИ»
20. «ДЖАМААТ АТ-ТАУХИД ВАЛЬ-ДЖИХАД» 
21. «ЙАКЫН ИНКАР»

1. «Аль-Каида» — Решением Первомайского суда г.Бишкек от 15 сентября 2006 года признана террористической организацией, деятельность на территории Кыргызской Республики запрещена.
2. «Движение Талибан» — Решением Первомайского суда г.Бишкек от 15 сентября 2006 года признана террористической организацией, деятельность на территории Кыргызской Республики запрещена.
3. «Исламское движение Восточного Туркестана» — Постановлением Верховного Суда Кыргызской Республики от 20 августа 2003 года признана террористической организацией, деятельность на территории Кыргызской Республики запрещена.
4. «Курдский народный конгресс» («Конгра-Гель») — Решением Первомайского суда г.Бишкек от 11 июня 2008 года признана террористической организацией, деятельность на территории Кыргызской Республики запрещена.
5. «Организация   освобождения   Восточного   Туркестана»  — Постановлением Верховного Суда Кыргызской Республики от 20 августа 2003 года признана террористической организацией, деятельность на территории Кыргызской Республики запрещена.
6. «Хизбут-Тахрир-аль-Ислами» — Постановлением Верховного Суда Кыргызской Республики от 20 августа 2003 года признана экстремисткой организацией, деятельность на территории Кыргызской Республики запрещена.
7. «Группа джихада» («Союз Исламского джихада») — Решением Первомайского суда г.Бишкек от 11 июня 2008 года признан террористической организацией, деятельность на территории Кыргызской Республики запрещена.
8. «Исламская партия Туркестана» («Исламское движение
Узбекистана») — Постановлением Верховного Суда Кыргызской Республики от 20 августа 2003 года признано террористической организацией, деятельность на территории Кыргызской Республики запрещена.
9. «Церковь объединения» (церковь Муна) – Решением Свердловского районного суда города Бишкек от 22 февраля 2012 года запрещена деятельность на территории Кыргызской Республики.
10. “Жайшуль Махди” – Решением Первомайского районного суда города Бишкек от 24 октября 2012 года  запрещена деятельность на территории Кыргызской Республики.
11. “Джундь-аль Халифат” («Джунд-аль Халифат») – Решением Первомайского районного суда города Бишкек от 24 октября 2012 года  запрещена деятельность на территории Кыргызской Республики.
12. «Ансаруллох» (Ансарул Аллах) — Решением Первомайского районного суда города Бишкек от 24 октября 2012 года  запрещена деятельность на территории Кыргызской Республики.
13. «Ат-Такфир Валь-Хиджра» («Ат-Такфир ва-л-Хиджра») — Решением Первомайского районного суда города Бишкек от 24 октября 2012 года  запрещена деятельность на территории Кыргызской Республики.
14. «Акромия» 14 марта 2014 года Первомайский суд г. Бишкек  признал религиозное движение «Акромия» экстремистской организацией и запретил на территории Кыргызской Республики.
15. «Агитационно-пропагандистские материалы и пропагандисткая деятельность Тихомирова А.А.-Саида Бурятского» — 14 марта 2014 года Октябрьским судом г. Бишкек  признаны экстремистскими, агитационно-пропагандистские материалы и пропагандистская деятельность Тихомирова А.А. – Саида Бурятского.
16. «ИГИЛ»- 13 февраля 2015 года Октябрьским судом г. Бишкек ИГИЛ признана террористической и экстремистской организацией, ее деятельность на территории страны запрещена.
17.«Джабхат ан-Нусра» -Решением Октябрьского районного суда г.Бишкек от 23 июня 2015 года религиозная организация «Джабхат ан-Нусра» была признана террористической и экстремистской, ее деятельность на территории Кыргызстана запрещена.
18. «Катибат аль-Имам аль-Бухари» (Батальон Имама Бухари»)- 13 мая 2015 года решением Ошского городского суда организация «Катибат аль-Имам аль-Бухари» (Батальон Имама Бухари») признана террористской и экстремисткой организацией и ее деятельность запрещена на территории КР.
19. «Жаннат Ошиклари» («Поклонники рая») — 13 мая 2015 года решением Ошского городского суда организация «Жаннат Ошиклари» («Поклонники рая») признана террористской и экстремисткой организацией и ее деятельность запрещена на территории КР.
20. «Джамаат ат-Таухид валь-Джихад» — Решением Ошского городского суда от 17 марта 2016 года подразделение «Джамаат ат-Таухид валь-Джихад» признано террористической организацией и ее деятельность запрещена на территории КР.

21.“Йакын-Инкар”- Решением Октябрьского суда г. Бишкек от 15 июня 2017 года запрещена деятельность на территории Кыргызской Республики