Государственная комиссия при Правительстве Кыргызской Республики по делам религий была создана Указом Президента Кыргызской Республики от 4 марта 1996 года № 45 «О структуре и составе Правительства Кыргызской Республике» как центральные исполнительные органы при  Правительстве Кыргызской Республики.

На основании Указа Президента Кыргызской Республики от 11 ноября 2005 г. № 533 «О внесении изменения и дополнений в Указ Президента Кыргызской Республики «О совершенствовании структуры органов государственного управления Кыргызской Республики от 15 октября 2005 года № 462» Государственная комиссия при Правительстве Кыргызской Республики по делам религий было преобразована в Государственное агентство по делам религий при Правительстве Кыргызской Республики.

В рамках реформы системы государственного управления Кыргызской Республики в соответствии с Указом Президента КР «О некоторых вопросах деятельности Государственной комиссии по делам религий Кыргызской Республики» от  18 декабря 2009 года УП № 601  Государственное агентство по делам религий при Правительстве Кыргызской Республики выведено из ведения исполнительной ветви власти и преобразована в Государственную комиссию по делам религий Кыргызской Республики с определением ее в качестве органа, непосредственно подотчетной и подчиненной Президенту Кыргызской Республики.

Указом Президента Кыргызской Республики «О вопросах передачи отдельных государственных органов в ведение Правительства Кыргызской Республики» № 15 от 21 января 2011г., Государственная комиссия по делам религий КР передана в ведение Правительства Кыргызской Республики. 

В соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики от 20 января 2012 года № УП-9 было внесено изменение в Указ Президента Кыргызской Республики «О вопросах передачи отдельных государственных органов в ведение Правительства Кыргызской Республики» от 21 января 2011 года УП № 15», где  Государственная комиссия по делам религий Кыргызской Республики осталась в ведении Президента Кыргызской Республики. 

Так, в соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики от 23 марта 2012 года № 71 утверждено Положение Государственной комиссии по делам религий и в соответствии с Законом Кыргызской Республики «О государственной регистрации юридических лиц, филиалов (представительств)» Государственная комиссия прошла перерегистрацию в Министерстве Юстиции Кыргызской Республики 18 мая 2012 года.

Государственная комиссия по делам религий при Президенте Кыргызской Республики является центральным органом Кыргызской Республики, проводящим работу по формированию и реализации государственной политики в религиозной сфере и координирующим деятельность государственных органов Кыргызской Республики в области религий.