Религиозная организация «Саентологическая Церковь» (далее Церковь) первоначально учётную регистрацию прошла в Государственной комиссии по делам религий Кыргызской Республики (далее Госкомиссия) 31 января 2001 года, а государственную регистрацию в Министерстве юстиции Кыргызской Республики 2 марта 2001 года.

С июня 2008 года в адрес Госкомиссии начали поступать сведения из соответствующих государственных органов о деструктивной деятельности Церкви. Кроме того, по данным института философии и политико-правовых исследований Национальной академии наук Кыргызской Республики, ««Саентологическая церковь» представляет реальную угрозу для духовного, экономического и социально-политического развития Кыргызстана. Сама деятельность вышеуказанной организации может оказать негативное воздействие на сложившийся баланс и толерантность основных религиозных конфессий, неправительственных организации, политических партий и структур государства».

В этой связи, в 2009 году по запросу соответствующих государственных органов Генеральной прокуратурой Кыргызской Республики с привлечением профильных специалистов образования и здравоохранения была осуществлена межведомственная проверка деятельности религиозной организации «Саентологическая церковь», в результате, которого выявлены грубые нарушения требований национального законодательства в сфере лицензирования.

Исходя из этого, Генеральной прокуратурой Кыргызской Республики на основании п.5 ст.26 Закона Кыргызской Республики «О свободе вероисповедания и религиозных организациях в Кыргызской Республике» и руководствуясь статьями 1, 3, 20, 23, 25 и 31 Закона Кыргызской Республики «О прокуратуре Кыргызской Республики» религиозной организации «Саентологическая церковь» было вынесено предписание об устранении нарушений требований п.7 ст.9 Закона КР «О лицензировании», которое «Саентологической церковью» было проигнорировано.

По данному факту со стороны уполномоченных органов в адрес Госкомиссии поступило письмо, где указывались противоправная деятельность Церкви в части неисполнения соответствующих нормативно-правовых актов и рекомендовалось рассмотреть вопрос дальнейшего функционирования данной религиозной организации на территории республики.

В складывающейся ситуации, руководствуясь нормами Закона Кыргызской Республики «О свободе вероисповедания и религиозных организациях в Кыргызской Республике» (п.6 ст. 26 и п.1 ст.27) Государственная комиссия по делам религий Кыргызской Республики дважды направляла в адрес Церкви официальное предупреждение об устранении выявленных нарушений и приведение в соответствие правовых норм. Вместе с тем, законные требования государственного органа по делам религий не были исполнены со стороны саентологов в установленные законодательством сроки и не обжалованы в судебном порядке.

31 мая 2011 года согласно п. 2 ст. 27 Закона КР «О свободе вероисповедания и религиозных организациях в Кыргызской Республике» от 31.12.08г. №282 и п. 9 Временного положения «Об учетной регистрации религиозных организаций в Кыргызской Республике» от 14.11.96г. №УП-319, Государственной комиссией по делам религий Кыргызской Республики было вынесено Решение о приостановлении деятельности религиозной организации «Саентологическая церковь» до устранения недостатков №1 от 31.05.11г. Однако, результаты проверок проведенных сотрудниками Госкомиссии в июне - июле месяцах 2011 года указывали на продолжение игнорирования требований национального законодательства со стороны «Саентологической церкви».

Несмотря на запрет ведения «одитинга» в негосударственном секторе, не имея учетной регистрации в Госкомиссии в качестве религиозного учебного заведения, отсутствия соответствующей лицензии Министерство образования и науки КР и в очередной раз игнорируя Решение Госкомиссии, Церковь продолжала осуществлять свою религиозную деятельность, о чем свидетельствуют проверки Госкомиссии (акты Госкомиссии от 04.09.2012 года и от 10.10.2012 года).

В этой связи в действиях Церкви усматривались неоднократные нарушения норм законодательства Кыргызской Республики, что является в соответствии с п.1 ст. 14 Закона Кыргызской Республики «О свободе вероисповедания и религиозных организациях в Кыргызской Республике» основанием для ликвидации религиозной организации через судебные органы.

В свою очередь, Церковь обратилась в Межрайонный суд г.Бишкек с исковым заявлением о признании недействительным Решения Государственной комиссии по делам религий Кыргызской Республики №2 от 7 мая 2012 года «Об отзыве свидетельства об учётной регистрации РО «Саентологическая церковь». Учитывая ходатайства Госкомиссии о прекращении производства по этим делам в связи с пропуском трех-месячного срока подачи заявления, суд своим решением прекратил производство по этим делам и отклонил их требования.

25 февраля г. Бишкекский горсуд, рассмотрев апелляционную жалобу Церкви, оставил решение первого суда без изменения, а жалобу без удовлетворения.

Однако, 16.04.2014 года в адрес Госкомиссии поступило заявление Церкви о добровольной ликвидации с приложениями: протокол Конференции Церкви, копия газеты «Слово Кыргызстана» от 19.02.2014 года, где размещено объявление о закрытии Церкви, оригинал Свидетельства об учетной регистрации религиозной организации «Саентологическая Церковь», выданное Госкомиссией 31 января 2001года.

Госкомиссия, руководствуясь ст. 14 Закона Кыргызской Республики «О свободе вероисповедания и религиозных организаций в Кыргызской Республике» своим решением от 30 апреля 2014 года осуществила ликвидацию религиозной организации «Саентологическая Церковь», т.е. внесла в журнал об учетной регистрации сведения о прекращении деятельности Церкви на территории Кыргызской Республики.